期刊简介
主要报道和刊登国内外、特别是我国消化病学者具有创造性的、有较高学术水平的基础和临床研究论文、研究快报等. 对具有中国特色的研究论文, 如食管癌、胃癌、肝癌、大肠癌、病毒性肝炎、幽门螺杆菌、中医中药、中西医结合和基于作者自己研究工作为主的综述性论文, 将优先发表. 读者对象为基础研究或临床研究的消化专业工作者。
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首页>世界华人消化杂志
- 杂志名称：世界华人消化杂志
- 主管单位：华人消化杂志；新消化病学杂志
- 主办单位：山西省科学技术厅
- 国际刊号：14-1260/R
- 国内刊号：14-1260/R
- 出版周期：旬刊
期刊荣誉：国家期刊奖百种重点期刊（第二和第三届）期刊收录：上海图书馆馆藏, 国家图书馆馆藏, 文摘与引文数据库, 维普收录(中), 医学文摘, 知网收录(中), CA 化学文摘(美), 万方收录(中)
生物信息学方法对人类和小鼠共同肝癌相关基因的筛选
王云；胡艳玲；曹骥；何敏
关键词：生物信息学, 肝癌, 跨种属, 相关基因, 筛选
摘要：目的:研究应用生物信息学技术,对基因芯片产生的大量数据进行系统地挖掘和分析,筛选出人类和小鼠不同种属间在肝癌发生发展过程中起关键作用的共同基因.方法:首先通过文献检索和收集,在GEO数据库中下载符合纳入标准的9套样本基因芯片数据,运用bioconductor和Rversion的2.10.1版本对已下载数据进行标准化处理,运用软件包affy中的RMA算法对affymetrix平台的原始数据进行背景校正、标准化和log2转换;其次使用excel的TTEST函数计算每一个基因的显著性,DAVID进行探针基因名称转换,建立基因名称与样本对应的表达数据表；再进行Meta分析计算人类及小鼠的共同差显基因,并通过DAVID中的KEGG库富集调控通路.结果:人类与小鼠在肝癌发生发展过程中的共同表达基因52个,其中5个为上调基因,4个为下调基因;富集出7条通路,其中甘氨酸、丝氨酸、苏氨酸代谢通路和轴突引导通路是文献已报道的与肝癌发生发展密切相关通路.结论:通过生物信息学可快速筛选出人类与小鼠在肝癌发生发展过程中的共同关键基因及与肝癌发生发展密切相关通路.
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